Représenation de workflows scientifique CWL avec le langage Nickel

Sujet

CWL est un standard de description de worflows scientifiques. Il permet d'exprimer un enchaînement de traitements par exemple l'exécution d'un ensemble d'applications lancées les unes après les autres sur un fichier de données. Ce langage comporte certaine qui peut rendre son usage fragile pour des traitements complexes. Pour tenter de répondre à ce problème on propose d'utiliser le langage Nickel et son éco-système comme générateur de workflow CWL. Il s'agira donc d'imaginer un ou des formats de workflows en Nickel permettant une exécution plus robuste avec les outils CWL.

Conseils

• Se familiariser avec CWL (le language et les outil cwltool)
• Se familiariser avec le langage de Nickel
• Aprés analyse du langage CWL, vous définerez par niveau de complexité croissant des réprésentations de worflows en langage Nickel permettant de réprésenter les fonctionalités principales de CWL

Références

• [1] https://www.commonwl.org/
• [2] https://github.com/common-workflow-language/cwltool
• [3] https://nickel-lang.org/
• [4] https://www.tweag.io/blog/2023-05-17-nickel-1.0-release/
• [5] https://www.tweag.io/blog/tags/nickel/